Historie infekčních nemocí je stará jako lidstvo samo. První lůžkové zařízení pro infekčně nemocné bylo v Plzni vybudováno na konci 19. století, kdy v Městské všeobecné veřejné nemocnici císaře a krále Františka Josefa I. byly zřízeny dva pavilony pro nakažlivé nemoci. V roce 1928 bylo již funkční samostatné oddělení a v roce 1937 sloužily pro potřeby hospitalizace infekčně nemocných původní 2 pavilony a nově postavená budova č. 2. Prvním primářem infekčního oddělení byl MUDr. Jaroslav Jindra, tehdejší ředitel Veřejné všeobecné nemocnice. Od roku 1950 vedl infekční oddělení, které disponovalo 200 lůžky, primář MUDr. Jaroslav Zdařil.
V roce 1961 byla zřízena Klinika infekčních nemocí s 256 lůžky, která byla vedena doc. MUDr. Vilémem Palisou, CSc., pozdější hlavním odborníkem pro Infekční nemoci v ČSSR. Výukou studentů medicíny v oboru infekčních nemocí se postupně zabývali všichni výše jmenovaní, k nimž od druhé poloviny 50. let přibyli čtyři asistenti (MUDr. Jaroslav Jindra, MUDr. Jarmila Kolářová, MUDr. Olga Kubíčková, CSc. a MUDr. Václav Fencl). Výuka tehdy probíhala ve dvou semestrech pro studenty všeobecného směru a v jednom semestru pro budoucí stomatology.
Období 50. až 70. let bylo dobou vysokého výskytu infekčních nemocí, dobou intenzivního výzkumu jejich povahy, zavádění nových antibiotik, ale i dobou postupně zaváděného očkování proti nejzávažnějším z nich. Zdravotnickým zástupcem přednosty v té době byla prim. MUDr. Z. Křiklánová.
V průběhu 80. let byl zaznamenán výrazný pokles počtu nejobávanějších infekcí, některé dokonce úplně vymizely. To umožnilo přehodnotit některé přísné izolační režimy a také snížit počet lůžek na klinice na 169. V té době také proběhla rekonstrukce našeho pavilonu na moderní pracoviště oboru. Přičinila se o ni prim. MUDr. Marie Žáková.
Hlavní výzkumné zaměření kliniky se tehdy týkalo studia mechanismů přirozené obrany organismu, zákonitostí zánětu a možností ovlivnění imunitních mechanismů v různých situacích, spojených se zvýšenou zátěž organismu, včetně infekcí. Velká pozornost byla rovněž věnována použití imunomodulátorů např. beta 1,3 D-glukanu. Ve výzkumné laboratoři tehdy kromě prof. MUDr. Viléma Palisy, DrSc. pracovali i další lékaři - MUDr. Vlastimil Krigar a MUDr. Josef Mainz, CSc., k nimž od roku 1983 přibyl MUDr. Dalibor Sedláček.
Počet výukových hodin studentů medicíny byl postupně omezován a výuka byla svěřena již jen dvěma asistentům - MUDr. Václavu Fenclovi, MUDr. Olze Kubíčkové- Paškové, CSc. a od roku 1988 i MUDr. D. Sedláčkovi.
V roce 1994 bylo na klinice ustanoveno AIDS centrum, v němž se prvním nemocným věnoval MUDr. V. Fencl a od roku 1996 je vedl MUDr. Dalibor Sedláček, CSc.
Počátek devadesátých let 20. století byl poznamenán celospolečenskými změnami, s nimiž souvisely i personální změny na Lékařské fakultě UK v Plzni. Došlo i ke změně studijních řádů, rozšíření spektra studia o bakalářský studijní program a výuku zahraničních studentů v angličtině, dále k racionalizaci výzkumu a dalším změnám.
Přednosta Infekční kliniky prof. MUDr. Vilém Palisa, DrSc. odešel v roce 1991 do starobního důchodu a vedením kliniky byl pověřen asistent MUDr. V. Fencl. Studentům přednášeli a praktická cvičení vedli přednosta kliniky a oba asistenti (MUDr. V. Krigar, MUDr. Dalibor Sedláček, CSc.). Od roku 1996 do ledna 2010 byla přednostkou kliniky MUDr. Jana Táborská, PhD., jejím zástupcem pro zdravotnickou činnost MUDr. Svatava Virtová. Od února 2010 je přednostou doc. MUDr. Dalibor Sedláček, CSc.
V roce 2012 odešly do starobního důchodu dlouholeté pracovnice kliniky MUDr. Milada Průchová a MUDr. Hana Brejchová